Ich nutze auch Wiso-Steuer und mache es genau wie über mir beschrieben. Es wird eine gesonderte Feststellungserklärung gemacht und nur das Ergebnis daraus (dein Anteil) wird in deine persönliche Steuererklärung übertragen.
Zu finden ist das in Wiso-Steuer unter "Andere Einnahmen" --> "Beteiligungen und gesonderte Feststellungen". Aus den von dir genannten Gründen warte ich auch nicht erst auf den Bescheid der gesonderten Feststellung, sondern gebe die persönliche Steuererklärung schon vorher ab. Im Programm wählst du dann einfach bei der Frage "Soll die Berücksichtigung der Einkünfte von Amts wegen erfolgen?" "ja" aus. Damit ist gewährleistet, dass das Finanzamt später die tatsächlichen Daten (sofern sie von dem abweichen, was du angegeben hast) automatisch berücksichtigt und deine Steuererklärung ggf. korrigiert.