Ja, genau – der Unterschied ist verheiratet vs. unverheiratet.
Ihr seid verheiratet und (vermutlich) zusammenveranlagt, deshalb könnt ihr einen gemeinsamen Freistellungsauftrag über 2.000 € erteilen. Der gilt dann für alle Konten von euch beiden bei dieser Bank – Gemeinschaftskonten und getrennte Konten, genau wie du es beschreibst.
Bei unverheirateten Paaren geht das nicht: Jeder Partner kann nur seinen eigenen Freistellungsauftrag über max. 1.000 € erteilen, und zwar nur für seine eigenen Konten. Zusammenlegen auf 2.000 € geht nur mit Zusammenveranlagung, also Ehe (oder eingetragene Lebenspartnerschaft).
Wichtig dabei: Die 2.000 € gelten insgesamt über alle Banken hinweg – wenn ihr bei mehreren Banken Freistellungsaufträge habt, müsst ihr die 2.000 € aufteilen. Was darüber hinausgeht, meldet die Bank dem Finanzamt.
Viele Grüße